2006 年度よりスタートした薬学6 年制では「チーム医療に貢献できる薬剤師育成」を教育目標とし、（１）人間性を養うヒューマニズム教育、（２）臨床薬学科目が充実した基礎薬学系と専門薬学系科目、（３）長期の病院・薬局実習、（４）卒業実習などを経て、薬剤師国家試験の合格を目指します。
本学の6年制では1ヶ月の事前実習を含め、6ヶ月の実務実習を体験するカリキュラムが大きな特徴となっています。特に病院実務実習では、高度医療を提供する聖マリアンナ医科大学と
の提携関係を強化し、薬剤師の基本業務に加え、病棟実習を重視した特色あるプログラムを提供します。
学内施設もさらに充実し、2006 年秋には、実習棟内に新たにレセプトや電子カルテを見て実習を行う「モデル薬局」、医薬情報のコンピュータ検索や服薬説明のトレーニングを行う「モデル病室」が完成。2009 年3 月には、6 年制に対応する施設としてハイテク機器を備えた地下1階・地上5階の新棟が完成予定です。